涉密文件資料的立卷、歸檔工作，主要是按照檔案法及其配套的法律法規和檔案主管部門的要求辦理。涉密文件資料在立卷、歸檔或者向檔案館移交時，應當對其密級和保密期限重新鑒定。屬于本機關本單位產生的密件，凡是可以解密、降密或變更保密期限的，應當按照保密法規規定的程序進行解密、降密和變更保密期限，再移交檔案館館藏。不屬于本機關本單位產生的密件，原產生機關單位未作出解密、降密和變更保密期限決定的，不得擅自變更密級和保密期限。已經立卷、歸檔的密件，保密期限屆滿的，應當及時解密。
需要立卷、歸檔的密件，在立卷、歸檔時經鑒定仍然屬于國家秘密的，應當在檔案卷宗封面或者首頁上做出與卷內密件密級和保密期限相同的標志。卷內有多份密件的，卷宗封面或者首頁按最高密級和最長保密期限做出標志。
非檔案管理人員查閱涉密檔案，應當辦理批準手續，并嚴格控制接觸范圍。關于館藏涉密檔案的密級及保密期限的變更和解密以及如何控制使用范圍的問題，應按國家保密局和國家檔案局制定下發的《各級國家檔案館館藏檔案解密和劃分控制使用范圍的暫行規定》辦理。
